新三板的證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)是指中國(guó)證券登記結(jié)算有限責(zé)任公司。從名稱(chēng)可知，其主要職責(zé)是對(duì)股份數(shù)量、流轉(zhuǎn)情況進(jìn)行登記及結(jié)算?？梢哉f(shuō)，證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)是新三板中的服務(wù)者。

　　(一)股份登記與存管

　　擬掛牌企業(yè)應(yīng)與中國(guó)結(jié)算深圳分公司簽訂《股份登記服務(wù)協(xié)議》。隨后，企業(yè)會(huì)同主辦券商辦理初始股份的集中登記;當(dāng)出現(xiàn)情勢(shì)變更時(shí)，企業(yè)及券商也應(yīng)當(dāng)在證券登記機(jī)構(gòu)申請(qǐng)相應(yīng)的變更登記;掛牌公司股份終止掛牌后，掛牌公司應(yīng)當(dāng)及時(shí)到深圳分公司辦理股份的退出登記。

　　此外，主辦券商應(yīng)將其所托管的非上市公司股份存竹在證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)。

　　證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)是新三板中的掛牌企業(yè)股份的登記機(jī)構(gòu)，也是券商所托管股份的存管機(jī)構(gòu)，證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)對(duì)新三板市場(chǎng)股份的流通情況進(jìn)行有效統(tǒng)計(jì)，是主辦券商代為申報(bào)買(mǎi)賣(mài)股份時(shí)對(duì)可交易股份進(jìn)行核對(duì)的依據(jù)和交易的載體。

　　(二)投資者賬戶(hù)管理

　　投資者買(mǎi)賣(mài)掛牌公司股份，應(yīng)持有中國(guó)證券登記結(jié)算有限責(zé)任公司深圳分公司人民幣普通股票賬戶(hù)。在2009年合并賬戶(hù)改革之后，投資者持有的場(chǎng)內(nèi)市場(chǎng)交易賬戶(hù)與新三板市場(chǎng)交易賬戶(hù)打通，投資者可以用一個(gè)賬戶(hù)投資于場(chǎng)內(nèi)市場(chǎng)的任何板塊，以及新三板市場(chǎng)。證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)對(duì)投資者賬戶(hù)進(jìn)行管理，不但保證了投資者賬戶(hù)的安全，同時(shí)還防止交易一方做空股份，損害交易對(duì)手利益。

　　(三)交收結(jié)算

　　股份轉(zhuǎn)讓完成后，應(yīng)進(jìn)行現(xiàn)金和股份的交收，此時(shí)證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)作為交收的中介結(jié)構(gòu)，按照貨銀對(duì)付的原則，為掛牌公司的股份轉(zhuǎn)讓提供逐筆全額非擔(dān)保交收服務(wù)。交收后進(jìn)行結(jié)算工作，按照分級(jí)結(jié)算原則，證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)根據(jù)成交確認(rèn)結(jié)果辦理主辦券商之問(wèn)股份和資金的清算交收，主辦券商負(fù)責(zé)辦理其與客戶(hù)之間的清算交收。